Capistranoでデプロイ時に特定のファイルをデプロイ対象から外す

.gitattributesを用意して、

.gitattributes export-ignore
.gitignore export-ignore
spec/ export-ignore

のように記述します。

こうする事でdeploy対象外にすることができます。
これは、以下のp-rの通りdeployする際にgit archiveを使っているからです。